Nein ist das gleiche Verhalten wie schon mit HKEY_CURRENT_USER nun gut wie dem auch sei.
Es stimmt, man sollte nicht unter HKEY_CLASSES_ROOT direkt schreiben. Das Eintragen unter HCKU\...\Classes funktioniert hier aber problemlos. Beispielprojekt im Anhang, welches sich selbst z.B. für *.test registriert.