Prinzipiell macht es eher Sinn wie z.B. Eclipse auf Multithreading und gut getrennte
GUI-Logik zu setzen. Dann kann die Oberfläche kaum hängen bleiben.
Einen Taskkill kann man tatsächlich rein theoretisch verhindern indem man etwas Schindluder mit Sockethandles treibt. Dann verhindert Windows selbst nämlich das Beenden des Tasks. Aus nahe liegenden Gründen möchte ich das hier nicht weiter erörtern auch wenn das Problem seit Windows 8 größtenteils gelöst ist. Für das aktuelle Problem würde es auch nichts bringen, denn man verhindert nicht nur einen Taskkill, sondern man kann das eigene Programm dann leider auch selbst nicht mehr beenden (zumindest habe ich noch keine Möglichkeit gefunden).
Und falls man in der Vergangenheit Probleme mit Hängern hatte, die man nicht finden konnte, kann dort z.B. Eurekalog helfen. Das schreibt nicht nur bei Exceptions Bugreporte, sondern kann das auch machen, wenn das Programm eine einstellbare Zeit nicht mehr reagiert.
Die von Dalai genannten Flags zur Erkennung eines sauberen Herunterfahrens kann man z.B. mit Logs im Systemeventlog kombinieren, wenn so Probleme erkannt wurden.