Für einen Server bietet sich der BananaPi besser an als ein Raspberry Pi.
Ich würde ohnehin beides nicht nehmen. Denn sowas wird dir die SD-Karte im Nu vernichten. Das ist eine Krankheit die all diese Boards gemein haben und die man auch nicht fixen kann.
Eine halbwegs vernünftige Lösung wäre es eine 2,5"-Platte an den USB-Port anzuschließen. Der RPI3 liefert eigentlich genug Power für eine 2,5"er SSD oder eine sparsame HDD.
Für einen Datenbankserver würde ich eher eine ZBOX von Zotac kaufen. Da gibts schon günstige Modelle für 150€ die weitaus schneller arbeiten als ein RPI und außerdem 64bit unterstützen.
Ein günstiges aber absolut ausreichendes Beispiel wäre hier die ZOTAC ZBOX BI329. Es sei erwähnt, dass da noch
RAM und eine HDD rein muss.
Aber selbst mit einem 2 GB
RAM-Riegel stehst du besser da, als mit dem popeligen RPI und seiner SD-Karte.