Nicht obwohl, sondern weil es Terminalserver heißt laufen die Anwendungen auf diesem und es wird nur die Anzeige übertragen. Eben so, wie man das von ganz früher kannte, wo es für die Benutzer Terminals (ja, damals nur reiner Text) gab. Und ein Server stellt etwas zur Verfügung (z.B. Datenbanken, Dateien, Web) und hier stellt der eben Terminals zur Verfügung.
Bei dem
Mutex gib es die Unterscheidung zwischen Session (local) und Machine (global). Ist der Prefix
Global\
dann kann in diesem Falle nur eine Instanz pro Maschine laufen, andernfalls eben pro Anmeldesession (und das passt dann auch für den Terminalserver).
Nutzt du von deiner Anwendung auch noch Verzeichnisse/Dateien lokal auf dem Rechner? Dann müsstest du das auch noch berücksictigen, dass ein Anwender auch mehrfach angemeldet sein könnte (das kann man aber auch abschalten, dann darf jeder Benutzer nur einmal angemeldet sein)