Hmm. Versionskontrolle braucht es natürlich, aber ich würde das, was du vorhast, anders angehen. Dein erster Schritt ist ja die Harmonisierung und Vereinheitlichung des Codes, bzw alle Libs in eine Codebase zu bringen. Ab dann macht die Versionskontrolle dafür erst richtig Sinn.
Ich kenne deinen Code nicht, aber ich würde versuchen, über INCLUDEs und DEFINEs eine gemeinsame Codebasis zu erstellen und dann nach und nach doppelten Code zu identifizieren und in sowas wie COMMON oder BASE auszulagern.
MIDAS und PEGANZA helfen da sicher.