Probier mal unter dem Layout "<kein>" zu Speichern. Dann kommt der Dialog zum Eingabe des Namens des Layouts.
Das Speichern ist nicht das Problem. Das Problem ist, das der gespeicherte Desktop nur dann aufgerufen wird, wenn ich ihn explizit aus der Liste auswählen. Also nicht beim Start von Delphi, wie bei XE6 und XE. Und wenn ich das aktuelle Projekt einfach nur schließe und direkt wieder öffne, stellt Delphi den Desktop wieder zurück auf "Standard".