Solange man grob zusammengefasst jede einzelne Buchung und jede Stammdatenänderung (vor allem Preisänderungen, aber auch Konfigurationsänderungen) zeitlich und genau nachvollziehen kann, die historischen Daten soweit möglich gegen Veränderungen geschützt sind, die Handbücher vorliegen und die Einrichtung usw. sauber dokumentiert ist, ist man schon sehr weit.
Nützt aber nichts, wenn der Steuerprüfer einen Grund sucht dem Geprüften was anzuhängen. Die Software ist das schwächste Glied, weil die GoBD so schwammig ausgelegt ist.
Ein Anruf beim BMF war zwar aufschlussreich. Schriftlich bekommt man aber nichts. Bund und Länder schieben sich den schwarzen Peter zu. Für die Gesetzgebung ist der Bund zuständig. Für die Ausführung sind die Länder zuständig. Also gibt das BMF keine konkrete Auskunft sondern verweist auf die Länder. Eine Auskunft bei einem Landesministerium hat aber keine bindene Wirkung für ein anderes Bundesland. (Wenn man mal was schriftliches bekommt)
Stichpunkt Handbücher. Die Handbücher müssen Vorliegen. Soweit klar. In welcher Form ist nicht definiert. Ausgedruckt, PDF, Hilfedatei etc. Die Aussage ist meist, es ist mir überlassen, wie ich die Handbücher bereit stelle. Ein Ministerium sagte mir, dass es wichtig ist, dass das Hadbuch zur "damaligen" Version der Sofware past, damit der Prüfer sehen kann, was mit der Software gemacht werden konnte. Also bist du gezwungen sämtliche Versionen des Handbuches aufzubewahren und nicht nur die neuste. Aber schriftlich habe ich dies nicht bekommen.
Bei einer Prüfung kann dann der Prüfer sagen "reicht mir nicht" und schon bist du dran. Aber nur über Umwege. Dein Kunde muss erst mal dafür grade stehen. Dem wird gesagt, die Nachschätzung ergibt 200TEU. Wir sind aber großzügig wir machen einen Vergleich über 10TEUR. Was meinst du was der Kunde macht? Ich hätte gerne dagegen geklagt. Das kann aber nur der Kunde, weil es ein Rechtstreit zwischen Ihm und dem FA ist. Der Kunde kann dich dann verklagen. usw. Macht nicht wirklich Spaß.