Falls es dich beruhigt: Auf meinem PC zu Hause läuft die Windows-Previewbuild 17063, da tritt das Problem mit TortoiseMerge auch nicht mehr auf.
Immerhin ein Lichtblick
Ich wundere mich nur warum das Problem sich mit einem Ab/Anmelden temporär beseitigen lässt. Was da intern wohl abgeht?
Das frage ich mich auch. Bei einigen Leuten lässt sich das Problem sogar temporär durch ändern bestimmter DPI Kompatibilitätseinstellungen oder wie erwähnt das alternierende De-/Aktivieren des CFG Exploit Schutzes beheben