Aber um auf die Ausgangsfrage zurückzukommen:
extra Partition + verschlüsselter Container den ich ein- und ausbinde ja/nein?
Da wären wir ja wieder beim Thema: warum die Tür gleich gleich offen lassen wenn der Einbrecher ggf Zeit verliert, wenn sie abgeschlossen ist.
Deiner Analogie folgend wäre es in diesem Falle aber so, wie wenn du die Wohnungstür mit einer super krassen Alarmanlage sicherst, gleichzeitig aber das Fenster offen stehen lässt.
Wenn du die Befürchtung hast, dass jemand PHYSIKALISCHEN Zugriff auf dein Gerät erlangen könnte (z.b. Laptop klauen, etc.), dann erstell dir deinen verschlüsselten Container.
Wenn es dir aber um Zugriff per Trojaner, etc. geht, dann kannst du dir die Sache sparen.