Ob Datei, Resource, Datenbank oder direkt im Programmcode:
Kommt auf die Aufgabe an.
Software für Normalverbraucher und spielwütige: Alles im Programmcode.
Resource, wenn man in bedingtem Umfang datenbankunabhängig sein will.
Es wird die entsprechende Resource eingebunden.
SQL ist ja leider nicht gleich
SQL, die Unterschiede bei den Dialekten können schon recht gravierend sein.
Datenbank: Das hat was, mache ich auch meist so. Anpassungen sind jederzeit möglich. Aber es wird ein entsprechendes Berechtigungssystem benötigt, damit nicht jeder da "rumwuseln" kann, sondern nur die, die dazu autorisiert sind. Im professionellen Umfeld also eher ein Datenbankadmin.
Datei ist eigentlich ähnlich zur Datenbank zu sehen: Nicht jeder darf, sondern nur autorisierte. Ansonsten sind die Scripte so abgelegt, dass sie nicht allgemein zugänglich sind. Das dürfte in jeder vernünftigen, professionellen Umgebung gegeben sein.
ZIP ...: Die kann man passwortgeschützt erstellen, da kann dann auch so schnell keiner mal eben was dran ändern. Auch darüber kann man dann Scripte datenbankunabhängig zur Verfügung stellen. Je Datenbanktyp eine ZIP mit den passenden Scripten. Ausgeliefert wird die, die zur Datenbank des Kunden passt.
Keine der Möglichkeiten ist grundsätzlich besser als die anderen und keine ist grundsätzlich abzulehnen. Es kommt halt auf die konkret zu erstellende Software und die Umgebung, in der sie zum Einsatz kommen wird, an.