Hier ist wohl nicht das Problem beim "Fokus bekommen", sondern beim "Fokus verlieren".
Wenn das erste Fenster zu geht, dann gibt die
VCL den Fokus an ein anderes Fenster und hier kommt die "manchmal"
VCL etwas durcheinander.
"Eigentlich" geht der Fokus an das Fenster, was vor Anzeige des ersten Fensters aktiv war. (also der nächste sichtbare Eintrag in Screen.Forms).
Konnte man nicht bei TForm auch angeben, auf welchem Screen sie aufgehen sollen?
Setzen kann man auch explitzit den PopupMode und PopupParent, um so zu regeln über welcher anderen Form sie aufgehen soll.