Ich kann nicht ganz folgen weshalb diese Einstellungen in das NUTZER-Verzeichnis von SYSTEM gehören. Werden die denn nach dem Setup überhaupt noch geändert? Ich würde sie zur .exe, nach C:\Programme oder wo auch immer es hingewandert ist hinpacken, so ist alles an einem Platz.
Der Dienst liest und schreibt in der Ini. Der Benutzer kann die Einstellungen über den Dienst jederzeit ändern. In C:\Programme gibt es in der Regel keine Schreibrechte und dort möchte ich auch keine einräumen.