Ich kenne mich mit github nicht aus.
Das hat nix mit Github zu tun. Aber es ist doch logisch, dass ein einmal pro Tag gemachter Snapshot des Quelltextrepositories immer etwas älter ist als der Zustand in dem Moment des Abrufs... Bis zu knapp 24 Stunden.
Das ist normalerweise total egal, aber es macht dann eben einen Unterschied ob du später nur einmal auf aktualisieren klickst und einfach nur die geänderten Dateien automatisch aktualisiert werden oder du die Webseite besuchen, das komplette Archiv laden und an die richtige Stelle entpacken musst...