Ich könnte mir vorstellen, dass Du auf der externen Platte ein "bare" Repository angelegt hast. Dann ist dort nicht der aktuelle Stand einsehbar, sondern das komplette Repository ist nur in der Verwaltungsstruktur. Das passt auch zum ".git" als Endung des Pfadnamens.
Wechsle doch mal in ein Terminal, dort in das Verzeichnis auf der externen Platte, und gebe dort
Code:
git rev-list --objects --all
ein. Dann siehst Du alle Dateien, die darin gespeichert sind.
Ein bare repo ist eben nicht dafür da, um drin zu arbeiten, also spart es sich die direkten Dateien und beinhaltet sie nur in seinen Datenbanken.