Das rote Ausrufezeichen im Note++Repository - Ordner hat, so denke ich, damit zu tun, dass sich dieses Repository nicht in einen Arbeitsordner auschecken lässt und weniger damit, dass hier auch gearbeitet werden kann.
Das bedeutet einfach nur, dass sich in dem Ordner Änderungen befinden, die noch nicht committet sind.
Note++-Repostory 3 wurde dabei als Bare-Repository erzeugt, kann also nicht als Arbeitsverzeichnis verwendet werden.
Das scheint mir jetzt der springende Punkt zu sein, weshalb das bei dir funktionierte und bei mir nicht.
Das Repository, aus dem du klonen und wohin du pushen möchtest, muss bare erstellt worden sein, ja. So habe ich es ja auch im Tutorial geschrieben.