Ich bin kürzlich von SourceTree (das ist im übrigen auch problemlos mit BeyondCompare genutzt habe) auf GitKraken umgestiegen (auch hier kann ich beliebige eigene Merge-Tools einstellen).
Ist etwas gewöhnungsbedürftig am Anfang (vor allem wenn man von SourceTree kommt), aber ich finde es schneller und stabiler. SourceTree hatte häufiger Hänger, bei denen ich die Operation ab und zu abbrechen und neu starten musste, insbesondere wenn ich mit Repos auf GitLab oder anderen, selbst gehosteten Repos gearbeitet habe, die nicht ganz so flott waren wie z.B. GitHub. Das ist allerdings Jammern auf sehr hohem Niveau