Wenn ich jetzt direkt die *.lnk Dateien als Anwendungspfad angebe gibt es Probleme wenn der User diese vom Desktop entfernt.
Ich würde die intern benutzten Verknüpfungen schlicht in das Anwendungsdatenverzeichnis deines Programms kopieren und dann dort benutzen.
Wenn du die .lnk Dateien ausliest und die Daten irgendwo speicherst, machst du ja im Grunde auch nichts anderes.