Hmm..
Ich vermute mal, das Constraints nicht funktionieren, da wahrscheinlich AutoHotkey direkt mit SetWindowPos arbeitet, da werden dann keine Events im Programm ausgeführt (ungetestet, nur Vermutung), welche eine Größenänderung abfangen können.
Gegen so etwas kannst Du dich mit Windows-Fenstern kaum wehren, da es hier auf
API-Ebene abläuft..
Was mir noch nicht so ganz klar ist, soll die Größenänderung nur auf dem Mainform oder dem kleinen Modal-Fenster ausgeführt werden?