Ich verstehe nicht - Verwechselst du
HKCU mit
HKLM?
Klar kannst du munter in die Registry schreiben, wie vorher auch. Der Unterschied: Das ist dein ganz eigener, virtualisierter "Hive". Also was deine Anwendung da in den HKEY_CURRENT_USER wirft ist ganz ihres allein. Andere Anwendungen können das nicht sehen, das System ist genauso "sauber" wie vorher.