Du könntest einen thread erstellen, der sich ein message-only Fenster erstellt. Damit sollte er dann Fensternachrichten empfangen können.
In der Anwendung kannst du dann ebim erhalten der Nachricht den Inhalt an den Thread weiterschicken (mit postmessage oder so)

Dann kommt die Nachricht zwatr erstmal beim Hauptfenster an, wird aber sofort und mit wenig Zeitverlust weitergeleitet - der Thread kann sich dann abarbeiten...