Ich glaube nicht dass man ein groß angelegtes Refactoring betreiben kann und nachträglich immer wieder Änderungen aus dem „un-refactorten“ Teil übernehmen ohne dass sich da alles durcheinander würfelt.
Ich versteh Dich nicht!
Du gehörst doch eigentlich nicht zu den Leuten, die, weil sie einen Hammer haben alles in der Welt als Nagel betrachten.
Entweder hast Du zwei unabhängige Programme oder aber zwei Programme, die gemeinsame Teile (Module) haben. Im zweiten Falle müßtest Du die Module dokumentieren und nicht die Programme. Ob Deine Verwaltungssoftware das kann, keine Ahnung.
Gruß
K-H