Auf dem USB-Stick wird erstmal garkeine EXE gestartet, sondern vom BIOS/EFI/UEFI/... wird das
OS, bzw. dessen BootLoader gestartet und da kannst du bei den meisten Lifesystem-Erstellungspogrammen auch irgendwo angeben, was nach dem Booten im Autostart drin sein soll und welche Zusatzprogramme du ins Lifesystem integriert haben willst.
Außer du bindest diese Programme nicht direkt ins Life-
OS ein, sondern willst nach dem Start den Autostart des Sticks verwenden, dann steht das in der
autorun.inf und du mußt in dem
OS eingestellt haben, dass Autorun auch aktiv ist, denn wegen der Vieren ist das oftmals ja standardmäßig aus.
PS: Wenn es im Sicherheit geht, dann besser ein LiveOS, welches in einer
RAM-Disk läuft und der USB-Stick mit einem "physischen" Schreibschutz, damit sich zwischenzeitlich nichts heimlich auf den Stick schleichen kann, aber sowas wird inzwischen wohl kaum noch hergestellt, außer man verwendet eine SDCard, bzw. einen kleinen USB-CardReader.