Okay, habe es jetzt mit ImageMagick gelöst. Da die
API leider nicht recht funktionieren wollte, erstellt mein Programm jetzt anhand der Daten ein Shellskript mit den nötigen Kommandos...

Das ist nicht unbedingt sehr performant (trotz kleiner
RAM-Disk als Tempverzeichnis), aber es funktioniert.
Weiß jemand, wie ich über die Kommandozeile ImageMagick anweisen kann, mehrere FloodFills auf ein Bild gleichzeitig anzuwenden? Das könnte die Sache noch vereinfachen.