Die TaskBar sendet ein WM_CLOSE an das Fenster, welches dort in der Taskleiste verlinkt ist.
standardmäßig:
* früher die unsichtbare MessageOnlyForm der
VCL (Application.Handle)
* und aktuell die MainForm (MainFormOnTaskBar)
Wird die MainForm geschlossen, dann beendet sich auch das
VCL-Programm (Application.Terminate)
und wenn sich das Programm beendet (Application.Terminated), dann verlassen alle ShowModal ihre Warteschleifchen.
Machst du irgendwas Komisches mit deiner MainForm?
PS: Die Kurzfassung nennt sich Rechtsklick, bzw. Kontextmenü.