Idealerweise, erkennt die Software dass eben ein solches Fenster offen ist und meldet dann "bitte Badge platzieren..."
Wenn es sowieso danach fragt, warum das Eintragen dann nicht über eine Tastenkombination initiieren? Das Passwort könnte dann dort eingefügt werden, wo der Mauszeiger aktiv ist (also über eine simulierte Tastatureingabe).