Einmal hatten wir bei
SVN ein Problem, aber das gibt es wohl in allen Versionssystemen.
Irgendwie hatte
SVN beim Einchecken mehrere Binärdateien als "Text"erkannt/markiert, was bei den "Zeilenumbrüchen" dann die Dateien schrottete.
Als wir dann erstmal rausfanden (dauerte etwas), dass diese Dateien "defekt" waren, half am Ende nur löschen und erneut adden.