Ich gehe mal davon aus, dass Projektgruppen-Dateien (die mehrere .droj-Dateien enthalten, die wiederum untereinander gleiche units und Formulare verwenden) so nicht unterstützt werden.
Die Dateien werden dann doppelt gelistet (müsste dann wohl manuell die doppelten abwählen)...
das dürfte dann eine "Besonderheit" der Delphi-Integration sein.