Ich kann mir beim besten Willen nicht vorstellen, warum der Native-Client einen Unterschied machen soll, wenn ich ein Programm auf dem lokalen Rechner starte oder über den Explorer vom anderen Server. Die Arbeitsumgebung ändert sich dadurch ja nicht und die Anwendung ist identisch.
In der Firewall kann man Ausnahmen für bestimmt EXE Dateien machen. Startet man die gleiche EXE von woanders gelingt ihr keine Verbindung.