Es geht darum, das Windows den Autostart nicht "sofort" ausführt, d.h. der Desktop zeigt sich und dann vergehen nochmal ca. 10-15s.
As Designed. MS zeigt damit es so aussieht das Windows schon vollständig geladen ist schon mal den Desktop an obwohl er noch nicht verwendbar ist.
Aber 10-15 Sekunden deuten auf eine relativ langsames System hin. Könnte es sein das es hier noch viele andere AutoStart-Anwendungen gibt die vor deiner Exe von Windows gestartet werden?