Du kommst wohl nicht drum herum, die Dateninhalte zu untersuchen und irgendwann mal Unterschiede zu finden. Die können aber bei gemeinsamer
DB nur über Zugriffsoptionen des Client beeinflusst sein.
Ich würde mit Flamerobin oder isql (möglichst nicht Dein System) anfangen, PrüfAbfragen auf funktionierenden und dem nicht funktionierenden System laufen lassen.
Z.B. ein Count auf das Feld machen (ohne where clause)
Naheliegend wären ja eigentlich Firebird Client Einstellungen, die auf dem System verdreht sind. Aber da kenne ich mich nicht aus.