Konkret würde ich hier so vorgehen: Alle VerInfo_xxx Einträge in den PropertyGroup außer in <PropertyGroup Condition="'$(Base)'!=''"> entfernen und in Zukunft Änderungen nur in eben dieser Basis-Konfiguration vornehmen.
So handhaben wir es bei uns auch, leider schreibt die
IDE trotzdem immer mal wieder Einträge in die Release/Debug-Konfigurationen rein und man muss das wieder von Hand bereinigen (dproj editieren). Ziemlich nervig das ganze.
Edit: Übrigens habe ich bei mir im XE3 unter dem Menü Projekt eine Option "Versionsinfo setzen". Die kommt aber von irgendeiner Komponente, eventuell den DDevExtensions oder den GExperts?