Okay, ich habe mal ein paar plumpe Tests gemacht, FPC/JVM ist tatsächlich schneller, sogar recht eindeutig (ca. um den Faktor zehn) zumindest bei Aufrufen von Methoden mit Parametern.
JNI wäre theoretisch noch etwas schneller als JNA, aber das scheint mir auch noch komplizierter zu sein...
Ich habe es jetzt mit JNA gut hinbekommen und werde dabei wohl auch bleiben (FPC ist da leider noch zu unbequem und die Integration des bestehenden Javacodes schwierig). Ist eben nur ein Hobbyprojekt.
Vielen Dank für eure Hilfe!