Schau Dir bitte mal den Kommandozeilenbefehl sc an.
Damit kann man u. a. Services starten und stoppen, auch auf "fremden" Rechnern.
Dein Problem müsste sich somit per Batchdatei lösen lassen.
Ungetestet und nur vermutet in etwa sowas:
Code:
sc \\Server stop "service name"
copy Service.exe \\Server\Pfad\Service.exe
sc \\Server start "service name"
Literatur dazu:
SC Start
http://superuser.com/questions/31516...the-difference