Hier ist die Rede davon, dass die Bilder VISUELL VERÄNDERT werden, und nicht dass sie unterschiedlich codiert gespeichert werden. Es geht darum, dass der Delphi ImageList Editor partielle Transparenz offensichtlich nicht verarbeiten kann.
Und woher weißt du das diese visuelle veränderung nicht vom Speichern her kommt?
AFAIK kann die TImageList nur intern mit Bitmaps umgehen. D.h. ein PNG wird zwangsweise beim Wandeln nach Bmp geändert.