wieso hat jede anwendung in delphi zwei handles?

[himitsu]

Im Notfall einfach an alle Top-Level-Fenster der Anwendung schicken und schon hat man keine Probleme.

bzw.
WM_QUIT an TApplication
WM_CLOSE oder WM_QUIT an die TForm.

Aber du kannst es dir einfach machen, denn in Delphi reagiert keine TForm/TApplication auf WM_QUIT, sondern der Thread, egal an welches seiner Fenster es geschickt wird.
In Kurz:

Delphi-Quellcode:

function TApplication.ProcessMessage(var Msg: TMsg): Boolean;
begin
  if PeekMessage(Msg, 0, 0, 0, PM_REMOVE) then
    if Msg.Message <> WM_QUIT then
      ..
    else
      FTerminate := True;  // Application.Terminate;

GetWindowThreadProcessId + PostThreadMessage(WM_QUIT) an den GUI-Thread (oder an alle Threads, wo Fenster dran hängen)