Externe Manifeste funktionieren nur dann zuverlaessig, wenn Windows das Programm nicht schon kennt. Ich habe auch eine Weile damit rumexperimentiert und es schliesslich aufgegeben.
Artikel dazu
Find Out Why Your External Manifest is Being Ignored.
Wenn nur ein Programmteil Adminrechte benoetigt, so sollte man diesen Teil z.B. in ein eigenes Programm auslagern und es bei Bedarf starten.