Wenn du nicht möchtest, dass der Explorer überhaupt sichtbar ist, kannst du auch dein Programm als shell registrieren.
Das ist vermutlich der beste Weg solche Wettkämpfe um die "TopMost"-Position zu verhindern. Wenn dein Programm als shell registriert ist, bist du automatisch vorne und es wird kein Explorer gestertet. Auch keine (bzw. auf jeden Fall weniger) andere Autostart-Programme. Dazu einfach den Pfad zur exe als Zeichenkette in
Code:
HKEY_Current_User\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell
hinterlegen.