Ich glaube der PDF Merger von PDFMate kann das (in beide Richtungen, also eins in mehrere und mehrere Dokumente in eins):
http://www.pdfmate.com/free-pdf-merger.html
Ansonsten gibts da die Community Edition von DynamicPDF Generator von ceTesoftware:
http://www.dynamicpdf.com/.NET-PDF-Library.aspx - der müsste das auch können. Die haben auch
COM und Java libraries neben dem .NET Zeug. Bildungsinstitutionen (aka Schulen
) bekommen bei denen 50% Rabatt wenn die das kaufen wollen würden.