Eine Checksumme an sich brauchst du nicht wirklich. Checksummen werden für Datenintegrität verwendet, was hier ja ned der Fall ist.
Einfach ne Kennung am Anfang der Datei packen und beim Auslesen nachschauen, ob sie vorhanden ist.. as simple as that. Öffne ne (kleine) Exe Datei im Texteditor und du wirst merken, die ersten zwei Zeichen sind "MZ" was die initialien des Entwicklers dieses Formats (
PE - portable executable files - exe/
dll) ist. Könnte auch "MZ " sein.. So viel dazu