An deiner Stelle würde ich erst einmal per Hand versuchen, das mit dem sqlite3-Kommandozeilentool zu testen und es erst dann mit Delphi umzusetzen, wenn es da funktioniert. Damit bekommst du das Feedback schneller und kannst besser "Debuggen".
No such table X1.mytable1 (erste Datei)
Oder no such table Y1.mytable6 (zweite Datei)
Da du die Datenbanken anscheinend frisch erzeugst: Hast du die Tabellen denn auch erstellt?