Schau dir mal die NTFS ADS der problematischen Dateien und Verzeichnisse an. Das geht z.B. mit
AlternateStreamView. Vielleicht sagen die etwas darüber, dass die Datei aus einer anderen Zone stammt.
MfG Dalai
Hab das Projekt auf Fat32 Partition umkopiert, Verzeichnis gelöscht, zurück auf NTFS, keine Änderungen.