es kann also nicht an dem liegen, dass Windows noch nicht alle Dienste geladen hat
Da wäre ich mir spontan nicht so sicher: Ich kann jetzt nicht herauslesen, ob die sqlite.dll statisch gelinked oder dynamisch eingebunden wird. In ersterem Fall könnte es ja vielleicht sein, dass direkt bei Anwendungsstart durch das Einbinden der
DLL irgendwelche Initialisierungsdinge ablaufen und für die ist es noch viel zu früh sodass alles was später darauf aufbaut, fehlschlägt.
Bekommst du in der gleichen laufenden Anwendung denn später die Datenbank noch auf?