Ich glaub, dass Dein Weg nicht der richtige ist. Weiss aber auch nicht genau, weil ich Dein Projekt nicht kenne.
Du kannst in solche
FBOs reinrendern.
Zusatz:
Wenn Du solche VBOs benutzt, kann Du zB nur die Farbparameter wechseln und das ganze nur im Grafikspeicher aktualisieren. Damit kannst Du vielleicht durch die Farbe das selektierte Objekt hervorheben.