1.) Nein, weil nur das Fenster ein Fenster(object) aus Windowssicht ist.
Alles Andere wird quasi direkt auf das eine Fenster/Canvas gemalt und da im FMX eigentlich keine weiteren
VCL/Windows-Komponenten vorkommen, achtet natürlich auch niemand darauf, ob die übermalt werden.
Du kannst im Resize-Event des Panel dein Notepad positionieren und im Draw-Event das neumalen auslösen.
Wenn es nur ums Darstellen ginge, dann das extere Programm in einem unsichtbaren Dummy-Fenster verstecken (Parent) und im Draw die andere Form sich auf das Panel-Canvas malen lassen.
Man könnte natürlich auch Fragen was ein natives Windows-Fenster in einem "Nichtnativen"-Windows-Fenster zu suchen hat.