Ich hatte auch mal eine Zeit lang f.lux verwendet, und mir war dabei aufgefallen, dass der Cursor als einziges nicht mitgedimmt wird. Das liegt wohl daran, dass der Cursor standardmäßig direkt von der Grafikkarte als „Sprite“ über das fertig berechnete Bild gelegt wird.
Es gibt aber einen
Trick, mit dem man erzwingen kann, dass der Cursor per Software gezeichnet wird. Dann klappt auch das Dimmen des Cursors.
Das ist jetzt zwar etwas Off-Topic, aber ich könnte mir vorstellen, dass dein Grafiktreiber irgendeinen Bug hat, der damit zusammenhängt.