Der PC startet nicht auf irgendeiner Partition, er startet erstmal im BIOS ROM, das dann von dem in der Bootreihenfolge erstem Laufwerk den ersten Sektor liest, was im Fall der Festplatte der MBR wäre. Was von da an weiter geschieht, hängt vom Inhalt des MBR ab, es gibt rücksichtsvolle Betriebssysteme die dort sowas wie GRUB (Multibootloader) einrichten und es kann aber auch sein das schlichtweg der MBR überschireben wird und von dort aus gebootet.
Im Falle von GRUB gibt es dann eine Auswahl, der Bootloader lädt sich selbst an eine andere Adresse im
RAM (läd ggf. seine eigenen restlichen Teile nach, weil sowas selten in 512 - Partitionstabelle Byte passt) und lädt den Bootsektor der Festplatte an die Adresse, wo er vorher war, und springt in ihn. Anschließend bootet der Bootsektor eigenständig ohne Kenntniss davon, was bis dahin pasiert ist.
Die einzige Möglichkeit sowas umzusetzen ist also
imho, die für den Bootloader aus dem MBR adressierbaren Konfigurationsdateien zu ändern, die in der Regel auf irgendeiner Partition liegen, so dass sich dieser anders verhält. Mit Grub sollte das für nahezu jede Partiotion gehen, mit NTFS jedoch könnte es schwierig werden, da Linux selbst noch nicht mal alzu lange einen funktionierenden NTFS Treiber hat (da das Format proprietär ist und nur Microsoft lange wusste, wie es aufgebaut ist), also müsste hier eventuell eine zusätzliche ext-basierte oder FAT-Partition für die Einstellungen her (wobei ich hier nicht sicher bin, ob mitlerweile NTFS-Unterstüzung da ist). Die andere Möglichkeit liegt halt darin den Windows eigenen Bootloader zu nehmen und falls noch vorhanden die Boot.ini zu ändern, wobei man dann aber bedenken sollte, dass sich das nicht automatisch zurück ändert. Ansonsten bleibt nur einen eigenen Bootloader mit entsprechenden Eigenschaften schreiben und diesem eine Konfiguration hinhalten, dabei sollte man aber bedenken, dass gute Bootloader Zeit in Anspruch nehmen und komplett in Assembler geschrieben sind (sein müssen, außer sie sind schon selbst ein Kernel) und man mit dem Realmode vertraut sein muss (selbst wenn man dem Rest dann vom Bootsektor der Partition erledigen lässt).