Muß das aktive Projekt auch wirklich kompiliert werden?
Wenn F9 und Delphi ist der Meinung nicht kompilieren zu müssen, dann kommt diese Meldung auch nicht und Delphi startet dann den Debugger mit dem falschen Projekt.
Das ist steckt halt einem Before-Debug-Event drin.
P.S. Ich hätte ja auf Andys Seite nachgefragt aber die Kommentarfunktion ist wohl dort deaktiviert.
http://www.delphipraxis.net/1266349-post98.html