Ich werde vermutlich an diesem System festhalten und korregieren. Nichtsdestotrotz werde ich mir die vorschläge einer extra exe. (die man dann für sogut wie jedes Projekt leicht verändert verwenden kann) zu Herzen nehmen.
Nun, kannste so machen, klar. Aber die Zeit, die du damit verschwendest, an "diesem [fragwürdigen] System" festzuhalten und es auf Biegen und Brechen zu korrigieren, könntest du besser darin investieren, die hier bereits mehrfach empfohlene Updater-Anwendung zu programmieren. Denn darauf wirds früher oder später sowieso hinauslaufen, wenn du das Problem ordentlich und idiotensicher gelöst bekommen willst.
Und es ist ja nicht so, dass das Raketenwissenschaft ist. Du musst halt nur deinen Updater-Code, den du schon in deiner Form1 mitschleppst, in eine externe Anwendung auslagern und dich dann nur noch um den korrekten Ablauf kümmern (also Updater mit erhöhten Rechten (Adminrechten) starten, Hauptprogramm schließen, Update durchführen, Hauptprogramm neu starten (nur mit User-Rechten)).