Übrigens: Gerade bei der Zusammenarbeit mit anderen Entwicklern empfinde ich dieses Vorgehen als deutlichen Vorteil. Fällt irgendwie doch auch unter den Begriff "Separation of Concerns", oder?
Da es hier ja inzwischen auch um Git geht, kann ich dir sagen, dass man sich mit dem Aufteilen auf 2 Repos keinen Gefallen tut, was das zusammenführen von Dateien angeht (habe selbst gerade das Mergen von 2 unterschiedlichen GIT Repos hinter mir).
Für das gibt es Branche und Tags. Natürlich kann ich mir 2 lokale Repositories auf die beiden Branche machen, wenn ich mir das switchen sparen möchte, aber aus Erfahrung (ich arbeite nun seit über 2 Jahren in einem Team von mehr als 10 Entwicklern mit GIT) kann ich sagen, dass man das eigentlich nicht benötigt. Und SoC ist es sehr wohl, wenn man unterschiedliche Branche oder Tags für unterschiedlichen Versionen anlegt (siehe GIT Flow).
Im übrigen benötigt man auch nicht unterschiedliche Repos für CI, jedes halbwegs taugliche CI kann sich nämlich den Stand holen, den man angibt - sprich mach mir ein Build von Version 1 und eins von Version 2 geht ohne weiteres.