Das ist doch ein Server der nur im LAN genutzt werden soll und nur für Wartungszwecke von außen erreicht werden soll, oder habe ich das falsch verstanden? Dann ist aus meiner Sicht ein VPN-Zugang doch sehr viel einfacher, als jeden einzelnen Dienst zu verschlüsseln (denn nachdem Du
mySql verschlüsselt hast, musst Du ja auch noch
FTP verschlüsseln).